Historische Entwicklung
Um 1100 wurden die Grafen, deren öffentliche Funktionen die Rechtsprechung, Steuereinhebung, militärischer Schutz und die Leitung der Rodungen und Neuansiedlungen waren, von erzbischöflichen Dienstmannen (Ministerialien) abgelöst. Eine dieser Herren (Pfleger), Ulrich v. Dachsberg aus Aspach im Innviertel stammend, errichtete 1429 als Pflegerichter im alten Fischerdorf Seewalchen, wo wahrscheinlich schon im früheren Mittelalter ein Wohnturm als Herrensitz stand, die Seeburg als seinen Amtssitz.
Wie lange die Seeburg als Pflegesitz diente, lässt sich nicht genau ermitteln. Im 16. und 17. Jhdt. gab es nach den Dachsbergern auch noch andere vom Bischof eingesetzte Pflegerichter. In die aussterbende Dachsbergerfamilie heiratete Wolf Adam v. Haunsberg. Auf ihn folgten Neidhart v. Haunsberg und Christop v. Haunsberg, unter welchem das Pflegegericht aufgelöst (ca. 1600), und dem Gericht in Sighartstein bzw. Neumarkt unterstellt wurde.
Seine Tochter Juliane von Haunsberg heiratete Levin v. Mortaigne (Salzburger Kammerherr, Gardehauptmann und Pflegerichter zu Golling). Dieser fiel im 30-jährigen Krieg. Nach dem Tod seines Sohnes Johann-Dietrich ging 1747 die Seeburg in den Besitz der steirischen Freiherren von Prankh über.
Weitere Besitzer waren:
1724 Adam Franz-Xaver von Paumann, Pfleger in Zell am See
1731 Johann Adam Ainkäs v. Ainskäshofen und Petersheim
1737 Josef Rupert von Pfeiffersberg
Unter dem im Jahre 1752 folgenden Besitzern Ernst Maria v. Lodron und Antonia Gräfin v. Arco wurde die Seeburg 1755 im Rokokostil umgebaut. Auch der Anbau der Kapelle wurde errichtet. Bis heute hat sich die Innenausstattung aus den Jahren der Erbauung (1752 – 1755) erhalten. Sowohl das Hochaltarbild, das den hl. Friedrich und Rupert zeigt, als auch das Deckenbild mit dem Tod des hl. Rupert stammen von dem italienischen Maler Gennaro Basile. Nachdem von diesem Maler in Salzburg keine weiteren Bilder mehr existieren, dürfte ihn Graf Lodron, dessen Geschlecht aus Welschtirol stammte, nach Seekirchen gebracht haben. Auch die seltene Darstellung des hl. Friedrich im Hochaltarbild weist auf das persönliche Interesse des Grafen hin, dessen dritter Vorname Friedrich war.
Die folgenden Jahrzehnte stellten vielleicht die glanzvollste Zeit der Seeburg dar. Unter anderem war auch Wolfgang Amadeus Mozart als Musiker zu Gast im Schloss. Nach dem Tode des geadelten Südfrüchtehändlers und Armeelieferanten Dimas v. Widerwahl, der die Seeburg im Jahr 1825 erwarb, wurde die Seeburg 1849 öffentlich versteigert. Mit diesem Datum erhielt die Burg, die bis dahin ausschließlich als adeliger Wohnsitz gedient hatte, eine völlig neue Bedeutung.
Mathias Bayrhammer „der Seekirchner Geldhiesl“ hatte in seinem Testament aus seinem riesigen Vermögen eine reich dotierte Armenstiftung verfügt. Nach dessen Tod (1845) kümmerte sich sein Neffe, Lorenz Ibertsperger v. Erlach, den Bayrhammer ab 1848 als Stiftspatron einsetzte, um die Errichtung der Stiftung. Dieser erwarb 1849 die Seeburg, die in den nachfolgenden Jahren gründlich umgebaut wurde. 1850 wurde die Seeburg um ein Stockwerk aufgestockt (einige Steinlagen der Ringmauer wurden dafür abgetragen), um die Zimmer- und Bettenzahl zu erhöhen. Nach Carl v. Ernst (1850) übernahm 1878 Amanda Hübsch, Tochter von Lorenz Ibertsperger das Stiftpatronat bis zum Ende des 1. Weltkrieges, nachdem 1919 das Schloss in die Gemeindeverwaltung überging.
Am 21. Juli 1930 brannte die Seeburg durch einen Blitzschlag. Der Mansardendachstuhl fiel dabei den Flammen zum Opfer.
Vom Juni 1939 bis Juni 1941 waren zusätzlich Landdienstmädel einquartiert. Im Winter 1940/41 diente das Schloss als Schülerheim, bis es 1941 von der NSV beschlagnahmt wurde. Die Pfründer mussten ausziehen. Anstatt dessen wurde der Reichsbann einquartiert.
Ab 1947 diente die Seeburg als Hauptschulinternat. Bis 1977/78 das Stifts- und Heimatmuseum sowie Standesamt, Gemeindesaal und Kindergarten eingerichtet wurden.
Nach Abschluss umfassender Sanierungsarbeiten (April 1999) begann für die Seeburg eine neue Ära. Die Räumlichkeiten des Schlosses wurden für ca. 10 Jahre vom Regionalverband Salzburger Seenland genutzt. Ab dem Jahr 2008 startete die Privatuniversität Schloss Seeburg mit ihrem ersten Studienlehrgang.